尽管大多数生物分子（例如抗体和酶）对冷冻干燥的条件不敏感，但仍有些特例存在。对低温敏感的蛋白质可能会在冻干过程中发生聚集或沉淀，但是这样的一种情况能够最终靠缓慢降温或添加表面活性剂来缓解。冻结浓缩效应可能会破坏某些成分，这一效应会随着pH值一同变化。磷酸盐缓冲液可能是造成这一效应的根本原因，更换pH缓冲液或快速冷却通常能解决此问题。蛋白质也容易受到界面效应的影响，这一效应与冰晶表面积成比例。通常能够最终靠缓慢冷却或使用控制成核技术来增加晶体的尺寸并减小表面积来抵消这一效应的影响。脱水应力会影响蛋白质的稳定性。在某些情况下，需要结合水才能保持蛋白质的结构。加入冷冻保护剂或冻干保护剂能减轻这样的一种情况，并通过固定蛋白质和/或模仿结构水的作用来避免脱水应力。
PCR试剂中甘油的存在（如图1）会导致非常严重的后果，因为它在常规的冷冻过程中不会凝固。如果溶液储备充足的情况下，能够最终靠加入溶液稀释甘油或添加赋形剂的方法来解决。但是，干饼（dried cake）中仍有几率存在甘油，这会极大的影响稳定性和结构。新冠诊断试剂盒对于保质期的要求可能不如其他诊断试剂盒高，只需要几个月的保质期即可，因此也能够正常的使用低温保存。这样的话，甘油的存在对活性成分的稳定性影响较小。
冻干容器（例如小瓶、试管、孔板、芯片等）和封装的方式对热传递和耐热性具有重大的影响。除了密封过程中实现完全无水的挑战之外，有些孔板对水的渗透性甚至大于封口（如图2）。Ward博士在Webinar中提到，在低氧气和低湿度条件下采用受控环境，并使用柔性隔离器能够更好的降低产品中的水分含量。对于新冠检测而言，初始性能和快速生产可能比长期稳定性更重要，因此某些密封措施可能不是必要的。
由于大多数相关企业都在提高新冠检测试剂盒的产量，而非其长期稳定性。因此中试型冻干机即可满足新冠检测试剂盒的生产需求。一个典型的代表，SP Scientific生产的中试冻干机Ultra，可以一批冻干多达5,000个2 mL的西林瓶。对于大多数检测试剂的生产而言，这样的产量足以满足需求。其他更大型的专为制药行业设计的生产型冻干机，还具有诊断试剂生产所需的其他功能，例如蒸汽灭菌等。
SP Benchmark生产型冻干机专为更大批量的诊断试剂产品的生产而设计。其拥有一个典型的圆形产品室和内部的冷凝器设计，可改善低塌陷温度的诊断试剂产品在极低的层板温度下干燥时蒸气输送。层板面积从2㎡到20㎡不等。
以上所讨论的问题中，最重要的是应该要依据所讨论分子的敏感性的不同，采用合适的冻干策略。并且要考虑到其他对于诊断试剂的冻干要求。在进行新冠检测试剂的冻干中，试剂的体积通常较小，但批次数量较大，并且优先重点是产量而不是长期稳定性。因此，在设计专门用于新冠检测试剂盒的冻干方案时需要仔细考虑这一点。
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